Das Projekt Swisskarst wurde 2010 im Rahmen des NFP 61 (Nachhaltige Nutzung des Wassers) begonnen. Es zielt auf einen Ansatz der Charakterisierung der Karstaquifere und ihrer Anwendung im Gelände. 

Das Projekt entstand aus der Tatsache, dass in der Schweiz trotz der bewundernswerten Arbeit der Höhlenforscher, Universitäten, Büros und Behörden die Informationen zum Karstwasser verteilt, schwierig zu beschaffen und von ungleicher Qualität sind. Paradoxerweise konnte 2008 aufgezeigt werden, dass 80 % der unterirdischen Wasserreserve im Karst gespeichert sind. 18 % des Trinkwasser stammt aus Karst, der seinerseits für Bauprojekte oder erneuerbare Energien (Wasserkraftwerke, Geothermie etc.) immer interessanter wird. 

Die Motivation des Swisskarst-Projektes war es also, einen systematischen, normierten und recht pragmatischen Ansatz zur Charakterisierung der Aquifere zu liefern. Dieser Ansatz nennt sich KARSYS (Jeannin et al. 2013), und seine Standardanwendung erlaubt die Erstellung eines konzeptuellen 3D-Modells des Aquifers und seiner Entwässerung. Dieses Modell dient als Basis für weitergehende Forschungen.

Heute arbeitet das SISKA an der Weiterentwicklung des Ansatzes und wendet ihn systematisch als Grundlage für Bauprojekte an. Dank des Swisskarst-Projektes erhielt das SISKA grossen Feedback durch die Anwendungen in der Schweiz, wo KARSYS als offizieller Ansatz durch die Bundesbehörden anerkannt ist, wie auch in Slowenien, Spanien und Irland. 2015 ist weitere Zusammenarbeit geplant (Frankreich, China, England, Bahamas etc.).